Pierwszych pracowników Oddziału IPN w Gdańsku zatrudniono w sierpniu i we wrześniu 2000 roku. Do końca tego roku cały Oddział zatrudniał już ponad dwudziestu pracowników, głównie archiwistów oraz osoby kierujące poszczególnymi jednostkami. Utworzone zostały także piony zajmujące się badaniami naukowymi i edukacją publiczną.
Jednym z pierwszych zadań Oddziału było opracowanie historii Grudnia '70. Dlatego też powstała (już w 2000 roku) wystawa Grudzień 1970 – Gdańsk – Gdynia. W późniejszych latach pracownicy naukowi i edukatorzy zatrudnienie w oddziale kontynuowali tę tematykę. Powstały kolejne wystawy i publikacje, m. in.:
- Ofiary Grudnia 1970
- Kościół św. Brygidy ks. prałata Henryka Jankowskiego
- Król Kaszubów – kapłan Gdyni. Ksiądz prałat Hilary Jastak (1914–2000)
- Grudzień ’70 w Elblągu w dokumencie archiwalnym
- „Gdy naród do strajku wyruszył bez broni...”. Grudzień 1970 w Gdańsku
- Grudzień 1970 w Gdyni
- Powstanie Grudniowe 1970 roku
Ostatnia z wymienionych wyżej wystaw, powstała w bieżącym roku, jest wspólnym dziełem Oddziału IPN w Gdańsku i Szczecinie. Jednocześnie jest świadectwem naszych wysiłków, zmierzających do ukazania historii Grudnia '70, a także postępów badawczych w tej dziedzinie przez minione 20 lat. Ponadto tę tematykę podejmowały we własnym zakresie Centrala IPN w Warszawie i Oddział w Szczecinie.
W roku 2020 w Gdańsku i Bydgoszczy zatrudnia dwieście osób (w tym kilka bezpośrednio podległych centrali), w tym jedenastu prokuratorów. Jedna osoba posiada tytuł profesora, szesnastu pracowników Oddziału ma stopień naukowy doktora, jest też trzech doktorów habilitowanych. Ponad 92 proc. pracowników ma wykształcenie wyższe magisterskie, przede wszystkim historyczne, historyczno-archiwalne i prawnicze.