Wśród członków Rady Muzeum jest dwóch pracowników Oddziału IPN w Gdańsku: prof. Mirosław Golon (dyrektor oddziału) i dr hab. Piotr Niwiński (pracownik Oddziałowego Biura Badań Historycznych). Ponadto zasiadają w niej przedstawiciele Kolegium IPN: prof. Andrzej Nowak, prof. dr hab. Tadeusz Wolsza i dr hab. Sławomir Cenckiewicz.
Muzeum II Wojny Światowej to niezwykle ważna instytucja kultury o znaczeniu międzynarodowym, co wynika nie tylko z niezwykle ważnej historycznie tematyki ekspozycji i gigantycznych rozmiarów (to jedno z największych nowych muzeów w Europie), ale także z nadal trwających na świecie ataków wrogów Polski, którzy próbują fałszować historię największej tragedii w tysiącletnich dziejach Polski, a także zakłamują, marginalizują lub nawet przemilczają wielomilionowe straty osobowe Polski, która była w całym XX wieku najbardziej skrzywdzonym państwem Europy w wyniku masowego ludobójstwa dokonanego głównie przez Niemców i Sowietów oraz w wyniku niewyobrażalnej wręcz skali rabunku jej zasobów ekonomicznych.
Projekt „Trudne powroty, ciężkie wybory” to jeden ze wspólnych projektów edukacyjnych, zrealizowanych przez Muzeum II Wojny Światowej i Instytut Pamięci Narodowej (2017 r.)