Jednym z nich była masowa eksterminacja ludności przeprowadzona na przestrzeni jesieni 1939 r. i wczesnej zimy 1940 r. Dzisiaj wydarzenia te nazywamy pomorską krwawą jesienią lub zbrodnią pomorską.
W przededniu wybuchu II wojny światowej w powiecie starogardzkim mieszkała niewielka grupa ludności żydowskiej. Według różnych szacunków liczyła ona maksymalnie 143 osoby, zamieszkujące głównie Starogard, Skórcz, Zblewo i Lubichowo. Dodatkowo w miejscowym szpitalu psychiatrycznym w Kocborowie przebywała pewna grupa pacjentów narodowości żydowskiej.
Jeszcze przed rozpoczęciem okupacji gauleiter NSDAP w Gdańsku Albert Forster w swoich przemówieniach wielokrotnie podkreślał, że Pomorze powinno być jak najszybciej „oczyszczone z Żydów”. Tak samo mówił po wybuchu wojny, żądając wprost od osób tworzących okupacyjną administrację, a wywodzących się z jego najbliższego otoczenia, aby poszczególne miasta stały się „wolnymi od Żydów” (Judenfrei). Efektem było stworzenie aparatu terroru, który skazywał Żydów na śmierć. W efekcie zabijano ich w ramach dwóch dużych akcji eksterminacyjnych – akcji „Tannenberg” oraz akcji „T4”.
Już 1 września 1939 r. rozpoczęły się masowe ucieczki Żydów z Pomorza. Większość z nich, ze względu na błyskawiczne postępy Wehrmachtu, zakończyła się jednak niepowodzeniem. Efektem były powroty do swoich miejsc zamieszkania. Takie postępowanie wynikało z braku poczucia zagrożenia, co było pokłosiem polityki prowadzonej przez Cesarstwo Niemieckie na tych obszarach do 1918 r. Decyzja ta była błędna i w ostatecznym rozrachunku większość z tych, którzy wrócili została przez nazistowskie władze najpierw aresztowana, a następnie pozbawiona życia. Po 1 września 1939 r. Żydów nazywano wprost wrogami III Rzeszy. Pierwszym elementem było ich wykluczenie z życia gospodarczego. Pozbawiano ich również majątku.
Pierwszym miejscem, gdzie dokonano masowego aresztowania Żydów był Skórcz i najbliższe okolice tego miasta. Akcja rozpoczęła się 18 września 1939 r. i prowadzili ją SA-mani pochodzący prawdopodobnie z przedwojennego terytorium Wolnego Miasta Gdańska. Po sformowaniu w kolumny marszowe skierowano ich do Warlubia i Grudziądza, gdzie utworzono specjalne obozy dla Żydów. Ilu osób wówczas zatrzymano, tego do czasów dzisiejszych nie udało się ustalić. Należy przyjąć, że było to co najmniej 10 Żydów. W czasie transportu, który rozpoczął się 21 września 1939 r. większość z nich została przez Niemców zastrzelona.
Większa pod względem liczebności grupa Żydów zamieszkiwała w Starogardzie. Względem nich miejscowa niemiecka administracja posłużyła się podstępem. Prawdopodobnie 19 października 1939 r. na polecenie komisarycznego starosty Erwina Johsta oraz komisarycznego burmistrza Wolfganga Bocka nakazano zwołanie zebrania. Zdaniem część świadków prowokatorem całego zajścia był nieznany z imienia leutnant von Grabowski. Mieli wziąć w nim udział wszyscy Żydzi mieszkający w Starogardzie, a pretekstem było rzekome omówienie zagadnień związanych z obroną przeciwlotniczą miasta, a dokładniej obowiązkowym zaciemnieniem domów i mieszkań. Zebranie miało rozpocząć się o godz. 19.00 w budynku miejscowej synagogi.
Po przybyciu na miejsce Niemcy zaczęli znęcać się nad Żydami. Powszechne było ich bicie i torturowanie. Część z nich zabrano do więzienia miejskiego oraz więzienia w Baszcie Gdańskiej, gdzie katowali ich miejscowi niemieccy policjanci i żandarmi. Przykładowo naczelnik pierwszego z obiektów Johann Wilhelm Fast powiesił Peisacha (Pawła) Diamonta. Tych, którzy przeżyli aresztowanie Niemcy wywieźli do różnych miejsc kaźni, w tym do Lasu Szpęgawskiego. W większości przypadków pozbawiono ich życia między 19 a 20 października 1939 r. Ostatnimi, których zamordowano byli właściciel fabryki obuwia Jan Kaufmann, kupiec Juliusz Senft oraz jego żona Joanna Senft. Niemcy zamordowali ich w Lesie Szpęgawskim 21 października 1939 r.
W przypadku Żydów mieszkających w Zblewie wiemy, że Niemcy aresztowali przedstawicieli rodzin Holstein i Princ. Zostali oni zamordowani razem z innymi Polakami w czasie masowej egzekucji z 27 lub 28 października 1939 r. w leżącym nieopodal Skórcza Lesie Zajączek.
Zbrodnie popełniano również na Żydach przebywających w miejscowym szpitalu psychiatrycznym w Kocborowie. Pochodzili oni z różnych zakładów rozmieszczonych w całej przedwojennej Polsce. Wybuch wojny zastał ich na Pomorzu, gdzie przebywali prawdopodobnie z powodu braku miejsca w innych placówkach lub zostali tam celowo skierowani. Po przejęciu szpitala psychiatrycznego w Kocborowie przez Niemców i wprowadzeniu tam specjalnego oddziału SS-Wachsturmbann „Eimann” planowano przeprowadzenie selekcji, w wyniku której pozbawionych życia miało zostać między 70 a 80 proc. pacjentów znajdujących się w tym miejscu. Nie dotyczyło to jednak Żydów, którzy zostali skazani na śmierć w pierwszej kolejności bez względu na stan ich zdrowia.
Zbrodnie na żydowskich pacjentach placówki w Kocborowie rozpoczęły się 22 września 1939 r. Wówczas w pierwszej grupie osób wywiezionej do Lasu Szpęgawskiego znalazło się wielu pacjentów Żydów. Dalsze zbrodnie, w których również zabijano Żydów miały miejsce w kolejnych miesiącach i zakończyły się 21 stycznia 1940 r. Według najnowszego stanu badań wiadomo, że na liście ofiar Lasu Szpęgawskiego znajduje się, co najmniej 217 pacjentów w przypadku, których można stwierdzić, że byli Żydami. Nie wyklucza to jednak możliwości, że było ich więcej. Aby ukryć swoje czyny Niemcy wystawiali fałszywe akty mówiące o relokowaniu pacjentów do innej placówki, gdzie chory miał otrzymać lepsze warunki leczenia. Było to kłamstwo ponieważ wszystkie te osoby pozbawiono życia już na początku wojny.
Okupacja niemiecka na Pomorzu przyniosła wiele negatywnych aspektów. Jednym z nich były masowe zbrodnie popełnione na ludności cywilnej. Jedną z grup, którą wymordowano w pierwszej kolejności byli zamieszkujący tam Żydzi. Względem nich niemiecka administracja oraz miejscowe organa policyjne zachowywali się z pełną bezwzględnością. Żydów pozbawiono prawa, własności, możliwości obrony. Po aresztowaniu większość z nich zginęła w największych miejscach kaźni powiatu starogardzkiego – Lesie Szpęgawskim oraz Lesie Zajączek. Terror pierwszych miesięcy okupacji nie ominął pensjonariuszy kocborowskiego szpitala psychiatrycznego. Tam również żydowskich pacjentów skazano na śmieć. Większość z nich pozbawiono życia w Lesie Szpęgawskim.
