Świątynia wybudowana została na planie ołtarza papieskiego jako wotum dziękczynienia za wizytę Papieża Polaka w Diecezji Toruńskiej. Ojciec Święty Jan Paweł II odwiedził Toruń w czasie VII pielgrzymki (5–17 czerwca 1999) dokładnie w dniu 7 czerwca.
Uroczystości konsekracji kościoła przewodniczył bp Wiesław Śmigiel. Wzięło w niej udział czterech biskupów (w tym Wiesław Szlachetka z Gdańska) oraz wielu przedstawicieli samorządu, na czele z prezydentem Torunia Michałem Zaleskim.
Instytut Pamięci Narodowej reprezentował dyrektor Oddziału w Gdańsku, prof. Mirosław Golon, który złożył wiązankę kwiatów w miejscu upamiętnienia patrona światyni – bł. Stefana Wincentego Frelichowskiego.
***
Link do strony internetowej świątyni znajduje się tutaj. Decyzja o jej powstaniu zapadła w 1999 r., natomiast sama budowa rozpoczęła się w 2002 r.